Okul çocuğu yaşındaki siyah Amerikalı Chiron, uyuşturu madde bağımlısı annesiyle birlikte yaşayan, babasız kalmış bir çocuktur. Diğerlerinden farklı oluşu, Chiron’u çevresindeki çocuklar tarafından sürekli uğraşılan, yalnızlığa mahkûm edilmiş bir çocuk haline getirmiştir. Onun bu zor durumunu fark eden Juan ve kız arkadaşı Teresa, Chiron’a olabildiğince sahip çıkmaya çalışır. Genç ergenlik döneminde, Juan’ın ölümü ile yalnızlaşan, annesiyle sorunları süren Chiron, okul arkadaşı Kevin ile yakınlaşır. Arkadaşlarının zorba tavırlarının sürmesi Chiron’u benzer biçimde karşı koymaya zorlar ve ıslahevine düşer. Genç erişkinlik döneminde Chiron, artık çevresine korku salan bir uyuşturucu satıcısıdır. Çocukluk arkadaşı Kevin’in günün birinde onu araması hiç de beklemediği bir olaydır.

Ay Işığı, farklı cinsel gelişim gösteren bir bireyin, çocukluk, ergenlik ve genç erişkinlik olmak üzere üç dönemine yoğunlaşıyor. Toplum tarafından onaylanmayan cinsel eğilimlerin erkenden fark edilişi, bireyin dışlanması, doğal cinsel kimliğinin bastırılması, uygun ortam bulunmaması halinde, belki de yaşam boyu, kendince de reddedilmesi neredeyse bir belgesel kıvamında ortaya konuyor.